RNA-seqのデータ解析では、サンプルを施設に送信した後、ペアエンドのシーケンシングデータを受け取ります。最初のステップは、リードをゲノムにアラインすることです。従来のアルゴリズムではエクソン間のスプライスを認識できないため、スプライスを考慮したアライナー（例：TopHatやHISAT）を使用します。シーケンシングが進むにつれ、リードの長さが増加し、エクソンをまたぐリードのマッピングが困難になります。最終的に、BAMファイルが生成され、RNAの品質管理が行われます。